Eiwit Moleculair Gewicht Calculator

Categorie: Biologie
- April 03, 2025
| |
0
Geldig

Het moleculaire gewicht van een eiwit wordt berekend met de som van de gemiddelde isotopische massa's van zijn aminozuurresten:

\[ MW = \sum (n_i \times MW_i) - (n_{peptide} \times MW_{H_2O}) \]

Waarbij:

  • \(n_i\) = Aantal van elk aminozuur in de sequentie
  • \(MW_i\) = Moleculair gewicht van elk aminozuur
  • \(n_{peptide}\) = Totaal aantal peptidebindingen
  • \(MW_{H_2O}\) = Moleculair gewicht van een watermolecuul (18.02 Da)

Wat is de Eiwit Moleculair Gewicht Calculator?

De Eiwit Moleculair Gewicht Calculator helpt bij het bepalen van het moleculaire gewicht van een eiwit op basis van zijn aminozuursequentie of samenstelling. Het berekent ook aanvullende eigenschappen zoals theoretisch iso-elektrisch punt (pI), extinctiecoëfficiënt, hydrofobiciteit (GRAVY-score) en netto lading bij pH 7.

Hoe de Calculator te Gebruiken

De calculator biedt meerdere manieren om eiwitgegevens in te voeren:

  • Sequentiemethode: Voer de eiwitsequentie in met behulp van één-letter aminozuurcodes.
  • Samenstellingsmethode: Voer handmatig het aantal van elk aminozuur in.
  • Geavanceerde opties: Pas modificaties toe zoals acetylatie, disulfidebindingen of terminale modificaties.

Belangrijkste Kenmerken

  • Berekeningen van moleculair gewicht in zowel Dalton (Da) als kilodalton (kDa).
  • Bepaalt theoretische pI op basis van aminozuur pKa-waarden.
  • Berekeningen van de extinctiecoëfficiënt voor UV-absorptie bij 280 nm.
  • Schat hydrofobiciteit met behulp van de GRAVY-score.
  • Rekent met aangepaste modificaties zoals fosforylering, methylatie en amidatie.

Waarom is Eiwit Moleculair Gewicht Belangrijk?

Het kennen van het moleculaire gewicht van een eiwit is cruciaal voor:

  • Elektroforese-analyse (SDS-PAGE, Western blotting).
  • Massaspectrometrie-identificatie.
  • Eiwitzuivering en chromatografie.
  • Structurele en functionele studies.

Veelgestelde Vragen

Hoe wordt de theoretische pI berekend?

Het iso-elektrisch punt (pI) is de pH waarbij het eiwit geen netto lading heeft. Het wordt berekend met behulp van de Henderson-Hasselbalch-vergelijking:

\[ pI = \frac{pKa_{pos} + pKa_{neg}}{2} \]

Wat is de extinctiecoëfficiënt?

De extinctiecoëfficiënt wordt berekend met behulp van het aantal tryptofaan (W), tyrosine (Y) en cystine (C) resten:

\[ \varepsilon = (n_W \times 5500) + (n_Y \times 1490) + (n_C \times 125) \]

Hoe gaat de calculator om met modificaties?

De calculator stelt je in staat om verschillende post-translationele modificaties toe te passen, die worden toegevoegd aan of afgetrokken van het moleculaire gewicht van het eiwit.

Wat is de GRAVY-score?

De Grand Average of Hydropathy (GRAVY) score is een maat voor de hydrofobiciteit van eiwitten. Het wordt berekend als:

\[ GRAVY = \frac{\sum (Hydropathy_{AA} \times n_{AA})}{Totaal\ Aminozuren} \]

Waarom is het watermolecuul opgenomen in de berekening?

Elke vorming van een peptidebinding resulteert in het verlies van één watermolecuul, dus de totale massa wordt dienovereenkomstig aangepast.

Conclusie

De Eiwit Moleculair Gewicht Calculator is een waardevol hulpmiddel voor onderzoekers en studenten in de biochemie en moleculaire biologie. Of je nu eiwitstructuren analyseert, experimenten uitvoert of resultaten interpreteert, dit hulpmiddel biedt essentiële moleculaire eigenschappen snel en nauwkeurig.